PCR反應體系構建中引物的設計原則：

　　1、引物長度:15-30bp ，常用為20bp左右；

　　2、引物擴增跨度:以200-500bp為宜，特定條件下可擴增長至10kb的片段；

　　3、避免引物內部出現二級結構，避免兩條引物間互補,特別是3'端的互補，不然會形成引物二聚體,產生非特異的擴增條帯；

　　4、引物堿基:G+C含量以40-60M為宜，G+C 太少擴增效果不佳，G+C過多易出現非特異條帶。ATGc一般隨機分布，避免5個以上的嘌呤或咤啶核苷酸的成串排列；

　　5、引物3端的堿基,特別是末及倒數第二個堿基,應嚴格要求配對，以避免因末端堿基不配對而導致PCR失敗；

　　6、引物中有或能加上合適的酶切位點,被擴增的靶序列一般有適宜的酶切位點，這對酶切分析或分子克隆很友好；

　　7、引物的特異性:引物應與核酸序列數據庫的其它序列無明顯同源性。引物量以每條引物0.1-1umol或10-100pmo1,以較低引物量產生所需要的結果為準，引物濃度偏高會引起錯配和非特異性擴增,且可增加引物之間形成二聚體的機會。